藤枝MYFCの新加入、退団選手は以下の通り。※情報は7月13日時点
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IN
| 日付 | 位置 | 選手 | 前所属 | 移籍先 | 備考 |
| 2022/7/13 | FW | 渡邉りょう | アスルクラロ沼津 | 藤枝 | 完全移籍 |
| 2022/1/13 | FW | 土井智之 | ホウガン・ユナイテッドFC（シンガポール） | 藤枝 | 新加入 |
| 2022/1/12 | DF | 神谷凱士 | 川崎フロンターレ | 藤枝 | 期限付き移籍 |
| 2021/12/27 | GK | 菅原大道 | 栃木シティ | 藤枝 | 完全移籍 |
| 2021/12/24 | MF | 水野泰輔 | ロアッソ熊本 | 藤枝 | 完全移籍 |
| 2021/12/24 | DF | 小笠原佳祐 | ロアッソ熊本 | 藤枝 | 完全移籍 |
| 2021/12/22 | MF | 芝本蓮 | ガンバ大阪 | 藤枝 | 期限付き移籍 |
| 2021/12/21 | FW | 三木直土 | ジュビロ磐田 | 藤枝 | 期限付き移籍 |
| 2021/12/15 | DF | カウアン・ライア・リマ | 秀岳館高 | 藤枝 | 新加入 |
| 2021/12/15 | MF | ペドロ・エンヒケ・カンポス・ダ・コスタ | 秀岳館高 | 藤枝 | 新加入 |
| 2021/12/13 | GK | 内山圭 | ロアッソ熊本 | 藤枝 | 完全移籍 |
| 2021/8/10 | FW | 中井崇仁 | 法政大 | 藤枝 | 新加入 |
| 2021/7/6 | MF | 榎本啓吾 | 東海学園大 | 藤枝 | 新加入 |
| 2021/6/22 | MF | 金浦真樹 | 立正大 | 藤枝 | 新加入 |
| 2021/6/8 | MF | 久保藤次郎 | 中京大 | 藤枝 | 新加入 |
OUT
| 2022/6/28 | MF | 岩間雄大 | 藤枝MYFC | ラインメール青森 | 期限付き移籍 |
| 2022/2/1 | MF | 枝本雄一郎 | 藤枝MYFC | BTOPサンクくりやま | 完全移籍 |
| 2022/1/23 | DF | 秋本倫孝 | 藤枝MYFC | 現役引退 | |
| 2022/1/20 | DF | 稲積大介 | 藤枝MYFC | 高知ユナイテッドSC | 完全移籍 |
| 2022/1/19 | GK | 大杉啓 | 藤枝MYFC | 福島 | 完全移籍 |
| 2022/1/18 | MF | 鮫島晃太 | 藤枝MYFC | ヴェロスクロノス都農 | 完全移籍 |
| 2021/12/29 | DF | 森本大貴 | 藤枝MYFC | FCバレイン下関 | 完全移籍 |
| 2021/12/22 | FW | 宮本拓弥 | 藤枝MYFC | 長野 | 期限付き移籍 |
| 2021/12/21 | DF | 佐古真礼 | 藤枝MYFC | 東京V |
期限付き移籍満了
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| 2021/12/11 | DF | 金正也 | 藤枝MYFC | 契約満了 | |
| 2021/11/30 | GK | シューラー・マテウス | 藤枝MYFC | 契約満了 | |
| 2021/11/30 | MF | 清本拓己 | 藤枝MYFC | 契約満了 | |
| 2021/11/29 | MF | 枝村匠馬 | 藤枝MYFC | 現役引退 | |
| 2021/11/25 | DF | 那須川将大 | 藤枝MYFC | 現役引退 | |
| 2021/11/22 | MF | 谷澤達也 | 藤枝MYFC | 現役引退 | |
| 2021/11/18 | FW | 森島康仁 | 藤枝MYFC | 現役引退 |
